IIJディレクトリサービス for MicrosoftのActive DirectoryサーバでDirectory Syncを動作させるにあたって、以下の点にご注意ください。

同期させる対象のActive Directoryサーバを1台にする

同期を行うDirectory Syncは、ADドメインごとに1つに限定してください。複数のDirectory Syncで同期を実施すると、同期が正常に行われない場合があります。

定期実行反映時の設定ファイルは削除せず、保持する

定期実行を有効にする場合、設定ファイル（config.yml, secret.yml）のアップロードが必要になります。
一時的に定期実行を無効にしている場合などで、再度定期実行を有効にする場合でも設定ファイルが必要となるため、設定ファイルは手元に保持することを推奨します。